2023年3月，通税所接受某房开公司（以下简称委托人）的委托，代理其处理土地增值税的退税事宜。
委托人在201X年建有商业房一栋，政府要求委托人需自持30%，对外出售70%，自持部分办理了产权登记并对外出租了一部分。后委托人因资金困难被诉，2020年该商业房被法院执行，自持部分过户需先缴纳增值税及附加、契税、土地增值税，其中土地增值税的计算是以评估的方式确认成本扣除金额，评估的成本与实际建造成本相差较大，最终在某市住房保障和房产局税务窗口（受某市税务局某分局管辖，以下简称某分局）按照40%的税率缴纳了1200万的土地增值税。2022年，70%的可销售部分在属地税务局进行了土地增值税的清算，实际清算的建造成本远远高于某分局依照评估方法确认的扣除成本，故委托人认为同一审批项目，同一栋楼，同样的建造成本，某分局的评估成本过低，导致了委托人多缴土地增值税。委托人在退税期限内向某分局数次提交了退税申请，在某分局均未受理退税申请的情况下，委托了通税所代理退税事宜。通税所接受委托后，组建了专业税务律师团队提供服务，确定了行政复议加多级税务机关沟通的办理方案。通税办理律师就某分局“对税务人的退税申请不予回复、不启动退税程序的具体行政行为，向市税务局提出复议申请，要求市税务局某分局对于委托人多套房屋成本进行重新评估并对可能多交的土地增值税予以退税。在某分局收到委托人的复议材料后，同意受理退税申请。在某分局受理退税申请后，委托人重新提交了退税资料，在某分局征求市局的意见时，发现2020年过户时少交了增值税，某分局在简易计税的情况下扣除了土地成本，导致少缴增值税一百多万，在增值税的数额无法确认的情况下，难以计算土地增值税。税务机关发现纳税人少缴税款的时间已经超过三年，且少缴是税务机关的过错，纳税人没有法律上的补缴义务，但考虑时间成本，经与委托人协商，同意补缴该部分增值税，但税务机关必须减免滞纳金。减免滞纳金涉及到税务机关内部的责任划分，通税律师在某分局及委托人所属税务局之间经过多轮的沟通，确认委托人无需缴纳滞纳金。同时，通过在土地成本上加入了拆迁成本，进一步增加了成本扣除的金额。2024年2月初，某分局内部程序通过退税决议，同意退还土地增值税超500万，在通税律师的努力下，同时退还了退税金额的同期银行存款利息。在政府财政紧张的情况下，除了增值税即征即退、出口退税等常规的退税外，其他的退税办理难度均比较大，有退税需求的企业需要委托可以通过行政复议或行政诉讼具有案件硬启动能力的律师，同时该律师也需要懂得税务知识，可以和税务机关进行专业沟通并协助降低税务机关执法风险，本案的代理人即是执业律师，也是税务师，在土地增值税这样的充满争议的税种上，既能理解委托人的需求，也能和多级税务机关的征管科、政策法规科、纳服科沟通，方能退税。