1.立项阶段

根据《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2016]195号），“研究开发活动是指，为获得科学与技术（不包括社会科学、艺术或人文学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的活动；不包括企业对产品（服务）的常规性升级或对某项科研成果直接应用等活动（如直接采用新的材料、装置、产品、服务、工艺或知识等）”。所以，首先企业的立项思路是将研发活动项目化，具体而言，就是梳理研发需求（开发目的、开发背景等），满足创新点（技术原理、技术手段或者路线等） 要件，根据项目类型（产品开发、设备开发、工艺开发、系统开发等）设立研发项目。 

其中，研发需求在实务中可以从销售部门（如客户的反馈，针对反馈信息进行产品的改进或者研发新产品）、生产部门（如对生产能耗、生产效率、生产安全、产品质量等方面提出的高指标的技术要求）、技术部门等多方面进行明确。而创新点需要满足创新性（新的技术或者新的应用方法）、持续性、系统性等要件。

在这一阶段，企业管理层及相关技术部门负责人需要做的工作主要是立项论证和方案设计。前者主要工作是审议立项的必要性与可行性，包括（1）是否符合市场需求，是否能够回应当前及潜在客户需要；（2）是否与公司未来的业务与技术发展方向相符；（3）是否具有行业技术前瞻性；（4）当前公司的人员条件、物质条件能否满足开展本项目的基本需求；（5）本项目预期的研究成果与计划投入的资源是否匹配；（6）项目研究是否会对公司其他正常业务产生不可接受的负面影响。立项论证阶段会形成的文档资料有立项申请书、立项审批表、立项讨论会会议记录、立项决议、财务核算科目结构等，这些资料实务中根据企业研发组织活动的管理水平不同有所差异（后述资料同此情形），但立项决议是必不可少的。后者主要工作是在立项获准后，就项目最终的研究目标、开发路线、参与人员、时间进度安排、资源投入等做细致规划，特别是就关键技术问题的解决，提出初步可行的思路，部分内容可通过实验先行验证。方案设计阶段会形成的文档资料有项目设计书、阶段性会议纪要、项目计划书预算明细等。

2.项目实施阶段

这一阶段，以初期规划和实验验证所得成果为基础，在实际研发过程中摸索相关技术/工艺的具体实施方法。以某机械零部件生产企业的产品研发项目为例，这一阶段又可能细分为小试阶段和中试阶段，小试阶段验证技术方案的可行性（可行性检测，有的企业会将这个工作放在立项阶段的方案设计中）；中试阶段则考量产品合格率、物料流转效率（批量验证，即稳定性检测）。这里需要特别关注的是：加计扣除时，小试阶段和中试阶段形成的样品或产品销售收入和成本应剔除！但高新认定中相应成本可以计入研发费用。项目实施阶段会形成的文档资料有实验通知单、检测报告、阶段会议纪要、阶段性的实验记录（小试或中试的实验报告）、重大问题或者进展的会议纪要、财务核算凭证与核算的原始资料（研发人员工资分配表、研发设备折旧分配表、工时记录表和工时统计表等）。

3.结项阶段

这一阶段，项目组回顾实施项目过程，总结经验教训，包括资金使用、进程控制、人员调度、研究方法等方面，汇总评价项目成果，讨论其转化利用、后续管理及运用方法等。结项阶段会形成的文档资料有项目结项报告、专利申请审批表、技术成果总结报告、技术诀窍（对外披露前往往先行脱密处理）等。这里的技术诀窍是指研发过程中形成的暂时不申请专利的技术成果，由于其本身存在较大的不确定性，所以技术诀窍作为科技成果进行转化，在高新认定中不宜占比过重，否则存在证据不足以致相关指标不达标的风险。

研发项目的预算管理主要体现在项目的立项阶段，始于立项论证的可行性分析，完善于方案设计的财务预算。企业根据“主要研究人员情况”和“主要（大中型）仪器设备清单”，先进行较为准确的人员费用、折旧费用的计算，然后根据研发项目的不同阶段，估算直接材料的投入和其他费用的支出。

以研发设备为例，对于专用设备，如研发部门使用的高精设备（生产上很少使用），预算时100%计入研发费用；对于共用设备，如一些与生产共用的普通设备，按合理的分配比例计入研发费用。专职研发人员和辅助研发人员也是一样的道理。

企业根据立项情况进行研发项目的预算工作，实际发生额和预算额肯定存在差异，但这种差异要保持在合理范围内，如果现在的立项最终不能达成预期的研发效果（一般来说，研发项目即使失败，相关费用仍可计入研发费用），导致实际发生额与预算额差异过大，那现在的立项工作可能就失之谨慎。所以，立项是预算的基础，也是后续财务核算的基础，应尽量将确定性较高的研发项目进行立项。这里的确定性不是指项目成功的可能性，而是指项目实施的可能性，这又回到最初立项阶段如何进行必要性和可行性分析的话题。

研发项目的备案管理，根据不同地区主管部门的要求进行，有的地方已经取消备案，有些地区要求企业享受研发费用加计扣除需要备案，即提交相关附件材料（附件2只需选择适合的一类）至科技局备案登记（一式两份）。附件材料包括：附件1《企业研究开发项目备案登记表》（科技局盖章）、附件2-1《XX省企业研发项目情况表（自主开发类）》（每个项目填写一份，本表在次年的3月底之前报主管税务机关，下同）、附件2-2《XX省企业研发项目情况表（委托开发类）》、附件2-3《XX省企业研发项目情况表（合作开发类）》、附件2-4《XX省企业研发项目情况表（集中开发类）》、附件3《项目经费支出预算表》以及该研发项目的立项决议。

根据《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2016]195号），“企业的研究开发费用是以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计算的。企业应对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写附件2《高新技术企业认定申请书》中的“企业年度研究开发费用结构明细表”。企业应按照“企业年度研究开发费用结构明细表”设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按本《工作指引》要求进行核算”。所以，相比2008年旧版本的《工作指引》，2016年新版本的《工作指引》明确了按研发项目进行财务核算的要求。研发费用的财务核算是研发活动组织管理水平的综合体现，是研发项目证明资料的集合点。

根据《财政部、国家税务总局、科学技术部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税[2015]119号）的规定，“企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理；同时，对享受加计扣除的研发费用按研发项目设置辅助账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额。企业在一个纳税年度内进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。企业应对研发费用和生产经营费用分别核算，准确、合理归集各项费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除”。

研发费用的财务核算管理，我们要关注税会差异，或者说研发费用加计扣除口径和高新技术企业认定中研发费用口径的差异，限于篇幅这部分内容不在此赘述，但二者都有一个共同要求，就是财务核算的合理性。以研发费用中的人工费用和折旧费用为例，它们在研发项目中的分配比例要能自圆其说，如专职研发人员和研发专用设备按100%计入研发费用-人工费用/折旧费用，辅助研发人员和通用/生产研发共用设备按30%计入研发费用-人工费用/折旧费用是否恰当。这就需要一些证据材料的支撑，如工资分配表（辅助研发人员在生产活动和研发活动之间的分配、专职研发人员和辅助研发人员在不同研发项目之间的分配）、工时记录表（分配依据就是工时统计）等等。