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深圳能源投资股份有限公司在2001年中期报告披露了这样一个事项：本公司与深圳市能源集团有限公司投资成立深圳能源（钦州）实业开发有限公司，本公司占25%股权，累计投资1005万元。 2000年4月25日, 深圳能源（钦州）实业开发有限公司股东会作出决议, 同意深圳市能源集团有限公司将其所持有的 75%的股权转让给中国石油化工股份有限公司；同意本公司将所持有的 25%的股权转让给广西壮族自治区石油总公司，2000年5月12日，正式签订《股权转让协议》。

这样一个看似普通的股权转让协议，直接引发了一个争议性颇大文件的出台。《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）规定：“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”简而言之，税务总局认为，上述股权转让行为应当视同转让房地产征收土地增值税。

此后，《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函〔2009〕387号）规定：“鉴于广西玉柴营销有限公司在2007年10月30日将房地产作价入股后，于2007年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。”《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函〔2011〕415号）规定：“同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。”

《国家税务总局关于印发〈税收个案批复工作规程（试行）〉的通知》（国税发〔2012〕14号）第四条规定：“税收个案拟明确的事项需要普遍适用的，应当按照《税收规范性文件制定管理办法》制定税收规范性文件。”《税收规范性文件制定管理办法》（税务总局令第41号）第七条规定“上级税务机关对下级税务机关有关特定税务行政相对人的特定事项如何适用税收法律、法规、规章或者税收规范性文件的请示所作的批复，需要普遍适用的，应当按照本办法规定的制定规则和制定程序另行制定税收规范性文件。”

从以上规定我们可以看出，税务总局的个案批复如果没有抄送各省级税务机关（国税发〔2012〕14号施行之前），没有制定税收规范性文件（国税发〔2012〕14号施行之后），是不能普遍适用的。而上述三个批复均未抄送各省级税务机关，所以只能个案适用，不能普遍适用。况且，如果上述批复可以普遍适用的话，也就不用批复三次，有一次批复即可，这也从另一个角度证明上述批复只适用于个案，不能普遍适用。

就在国税函〔2000〕687号批复后不久，国家税务总局对深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100%的股权事项所涉及到的营业税问题再次作出批复，确认股权转让不视同销售不动产，不属于营业税的征收范围，不征收营业税。《国家税务总局关于股权转让不征收营业税的通知》（国税函〔2000〕961号）规定：“不论是转让方转让股权以前，还是在转让股权以后，钦州公司的独立法人资格并未取消，原属于钦州公司各项资产，均仍属于钦州公司这一独立法人所有。钦州公司股权转让行为发生后并未发生销售不动产或转让无形资产的行为。因此，按照税收法规规定，对于转让方转让钦州公司的股权行为，不论债权债务如何处置，均不属于营业税的征收范围，不征收营业税。”2003年，国家税务总局就此事再次发文，《国家税务总局关于深圳市能源集团有限公司、深圳能源投资股份公司转让股权涉税问题的处理决定》（国税函〔2003〕1345号），认定应当按照“股权转让”行为适用税法，但是此文件并未公开，笔者从官方渠道也未查询到具体内容，文件规定上述“股权转让”行为仅适用于营业税，还是营业税和土地增值税均适用，无从得知。

对于同一个股权转让行为，主管土地增值税的地方税务司（现财产和行为税司）认为属于间接转让房地产，属于土地增值税的征税范围，应当缴纳土地增值税；而主管营业税的流转税司（现货物和劳务税司）认为不属于转让房地产，不属于营业税的征税范围，不应当缴纳营业税。笔者在此无权评判孰是孰非，只是说明转让股权能不能穿透，在税务总局内部也有不一致的声音。

我们再看关于此案的判决，在钦州市地方税务局作出征收营业税及附加、土地增值税的决定后，股权转让方深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司不服，诉诸法律，向广西壮族自治区钦州市中级人民法院提起诉讼，广西壮族自治区钦州市中级人民法院以(2001)钦行初字第2号《行政判决书》判决该公司败诉。该公司不服此判决，在规定期限内向广西壮族自治区高级人民法院递交了上诉状。广西壮族自治区高级人民法院以(2002)桂行终字第29号《行政判决书》作出终审判决，撤销广西壮族自治区钦州市中级人民法院以(2001)钦行初字第2号《行政判决书》关于维持钦州市地方税务局稽查局钦地税稽罚字[2000]第020号《税务行政处罚决定书》中按“销售不动产”和“转让无形资产-转让土地使用权”缴纳营业税计1937500.00元、城市维护建设税计96875.00元、教育费附加计58125.00元,共计2092500.00元,并处以一倍罚款,计2092500.00元的判决，认定该公司前述转让股权行为不属于营业税的征收范围（深圳能源重大事项公告中披露）。

另外，在“江苏高成房地产开发有限公司与福中集团有限公司股权转让纠纷”一案中，其再审民事判决书[江苏省高级人民法院（2014）苏商再终字第0006号]认为：“在股权转让时，土地增值税最终并未流失，因为股权转让也只是股东的变换，土地使用权权属没有变化，股权无论经过多少次转让，土地无论如何增值，公司初始受让土地支付对价的成本不变。但是，只要房地产发生了权属流转，公司就需要按最终的实际房地产销售价与最初的房地产成本价之间的增值部分缴纳土地增值税。因此，涉案股权转让实际上并未逃避土地增值税的征收。高成公司主张涉案股权转让逃避了国家土地增值税征收的理由不能成立。”

（一）法理分析

按照《公司法》相关规定，公司财产的所有权属于公司，而股东拥有的是公司股权。转让股权对于公司财产而言，主体并未发生变化，依然归公司所有，变化的仅仅是公司股权的所有权，所以应当按照股权转让考虑相关税收。实质重于形式的征税原则目前主要体现在企业所得税上，例如《企业所得税法实施条例》第七条规定：“来源于中国境内、境外的所得，按照以下原则确定：转让财产所得，权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定”，也就是说转让境外公司的股权不能视为来源于我国境内的所得。但是《国家税务总局关于非居民企业间接转让财产企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2015年第7号）将名义上转让境外公司的股权，实质上转让境内公司股权的行为认定为来源于中国境内的所得征收企业所得税。但是在土地增值税上并无类似规定（税务总局的三个相关的个案批复均不能普遍适用，前文已作叙述），所以不能采用“穿透”的方法计算缴纳土地增值税。

（二）税款分析

以股权转让方式转让土地使用权，虽然可以暂时不缴纳增值税（2016年4月30日及以前为营业税）和土地增值税，看起来在股权转让环节税负很轻，但是对于项目公司而言，土地使用权的成本依然未发生改变，对于受让方而言，实际支付的价款如果高于土地使用权的账面价值的话，多余的部分无法计入土地使用权的成本，只能从收购的项目公司税后利润里取得。如果收购方收购土地是为了房地产开发出售，那么项目公司将来出售房地产时依然按照原始地价作为土地成本去计算增值税、土地增值税，由于土地增值税实行的是四级超率累进税率，增值率越高边际税率越高，其土地增值税额将非常巨大。

假如某房地产公司拍得一块土地，花费一亿元，在项目公司名下，以2亿元的价格转让股权，后续开发花费其他可扣除金额为1亿元，售价为5亿元，如果分次缴纳土地增值税（不考虑加计扣除等其他因素），则第一次需要缴纳土地增值税为（2-1）×40%-1×5%=0.35亿元，第二次需要缴纳土地增值税为（5-2-1）×40%-（2+1）×5%=0.65亿元，共计缴纳土地增值税0.65+0.35=1亿元；如果一次缴纳土地增值税，则需要缴纳土地增值税（5-1-1）×50%-（1+1）×15%=1.2亿元。因此，土地增值税一次性缴纳比分次缴纳税负要重得多。而且股权转让模式下在计算增值税时，从销售额中减除的土地成本也按照历史成本，增值税税负也更高，因此，如果取得土地使用权后续开发出售的话，该税收筹划不但使得国家的税收收入未减少，反而会增加。如果是建房自用，则通过股权转让来规避土地不能转让的规定可以达到土地增值税筹划的目的。

（三）实务分析

按照我国现行相关税法的规定，企业的支出要想作为税法上认可的成本、费用，需要取得合法有效的凭证方可。而转让股权是转让方向受让方开具发票，受让方向转让方付款，与项目公司毫无关系。项目公司无法按照股权转让价款取得合法有效的凭证，所持有的凭证也是当初取得土地使用权的凭证（包括金额、时间、收款方等），所以无法在增值税、企业所得税税前按照股权转让价款列支，只能按照当初取得土地使用权的金额列支，会造成重复纳税。